Per Tøftings Speciale i Softwarekonstruktion - WebSite - Test

Copyright © 2008 Per Tøfting

Se også: Kode og programmer

Test

Valg af arter

Udarbejdelse af figur x og figur y i specialerapporten

Input til BLAT alignment

Input filerne blev genereret med programmet premiRNAsequences.py.

pre-miRNA-hsa-ALL-DNA.fa
pre-miRNA-dre-ALL-DNA.fa
pre-miRNA-rno-ALL-DNA.fa

BLAT alignment

BLAT alignment af menneskets og zebrafiskens pre-miRNAer blev gjort på følgende måde:

blat pre-miRNA-hsa-ALL-DNA.fa pre-miRNA-dre-ALL-DNA.fa -minIdentity=70 -out=axt BLAT-test-hsa-dre.axt

BLAT alignment af menneskets og zebrafiskens pre-miRNAer blev gjort på følgende måde:

blat pre-miRNA-hsa-ALL-DNA.fa pre-miRNA-rno-ALL-DNA.fa -minIdentity=70 -out=axt BLAT-test-hsa-rno.axt

Output fra BLAT alignment

BLAT-test-hsa-dre.axt
BLAT-test-hsa-rno.axt

Alignment længder og antal

Alignment længder og antal blev bestemt med programmet axtLineLength4Gnuplot.py. Resultaterne er i filerne:

Gnuplot-BLAT-test-hsa-dre.dat
Gnuplot-BLAT-test-hsa-rno.dat

Pre-miRNA længder

Pre-miRNA længder og antal blev bestemt med programmet premiRNAlength4Gnuplot.py. Resultaterne er i filerne:

Gnuplot-miRNA-dre.dat
Gnuplot-miRNA-rno.dat

Gnuplot

Gnuplot filen til generering af figur x og figur y i specialerapporten:

BLAT-alignment-hsa-dre-rno-plot.gp

Resultatet:

Figur x: BLAT-alignment-hsa-dre-plot.ps
Figur y: BLAT-alignment-hsa-rno-plot.ps

Test af BLAT

BLAT blev testet med pre-miRNAerne fra kromosomerne hsa 14, mmu 12 og rno 6. Alle blev testet som database fil og som query fil.

BLAT blev kaldt på denne måde:    blat database query -minIdentity=70 -out=axt outputfilnavn

Input

Disse filer blev brugt som input til BLAT testen:

hsa 14:    pre-miRNA-hsa-14-DNA.fa
mmu 12:    pre-miRNA-mmu-12-DNA.fa
rno 6:    pre-miRNA-rno-6-DNA.fa
Filerne blev genereret med programmet: premiRNAsequences.py

Output

BLAT-test-hsa14-mmu12.axt
BLAT-test-mmu12-hsa14.axt
BLAT-test-mmu12-rno6.axt
BLAT-test-rno6-mmu12.axt
BLAT-test-rno6-hsa14.axt
BLAT-test-hsa14-rno6.axt

Test af RNAz og RNAmicro

Både RNAz og RNAmicro blev testet med pre-miRNAerne fra kromosomerne hsa 14, mmu 12 og rno 6. Som blev downloaded fra miRBase version 9.0, i ClustalW alignet udgave.

RNAz blev kaldt på denne måde:    RNAz filnavn

RNAmicro blev kaldt på denne måde:    RNAmicro -i filnavn

Disse filer blev brugt som input til RNAz og RNAmicro testen:

alignment127.clw
alignment134.clw
alignment136.clw
alignment153.clw
alignment154.clw
alignment203.clw
alignment299.clw
alignment300.clw
alignment323.clw
alignment329.clw
alignment337.clw
alignment341.clw
alignment342.clw
alignment345.clw
alignment368-376c.clw
alignment368-alle.clw
alignment369.clw
alignment370.clw
alignment376a.clw
alignment376b.clw
alignment376c.clw
alignment377.clw
alignment379.clw
alignment380.clw
alignment381.clw
alignment382.clw
alignment409.clw
alignment410.clw
alignment411.clw
alignment412.clw
alignment431.clw
alignment433.clw
alignment485.clw
alignment487.clw
alignment487b.clw
alignment493.clw
alignment494.clw
alignment495.clw
alignment496.clw
alignment539.clw
alignment540.clw
alignment541.clw
alignment543.clw
alignment655-656.clw
alignment668.clw
alignment758.clw
alignment770.clw

Test af Pipelinen

Data kilder

DNA sekvensdata: Ensembl v40 - Aug 2006

Homo sapiens  
Mus musculus  
Rattus norvegicus  

miRBase databasefiler: Release 9.0 October 2006

miRBase database_files  

Oplysninger om microRNAerne

For menneskets kromosom 14 hsa-14, musens kromosom 12 mmu-12 og rottens kromosom 6 rno-6.

Antal miRNAer optalt med programmet miRNAcount.py:

Informationer genereret med programmet miRNAinformation.py:

Afstand mellem miRNAer beregnet med programmet miRNAdistance.py:

miRNA geners overlap med andre gener fundet med programmet miRNAoverlap.py: