Per Tøftings Speciale i Softwarekonstruktion - WebSite - Test
Copyright © 2008 Per Tøfting
Se også: Kode og programmer
Test
Valg af arter
Udarbejdelse af figur x og figur y i specialerapporten
Input til BLAT alignment
Input filerne blev genereret med programmet
premiRNAsequences.py.
pre-miRNA-hsa-ALL-DNA.fa
pre-miRNA-dre-ALL-DNA.fa
pre-miRNA-rno-ALL-DNA.fa
BLAT alignment
BLAT alignment af menneskets og zebrafiskens pre-miRNAer blev gjort
på følgende måde:
blat pre-miRNA-hsa-ALL-DNA.fa pre-miRNA-dre-ALL-DNA.fa
-minIdentity=70 -out=axt BLAT-test-hsa-dre.axt
BLAT alignment af menneskets og zebrafiskens pre-miRNAer blev gjort
på følgende måde:
blat pre-miRNA-hsa-ALL-DNA.fa pre-miRNA-rno-ALL-DNA.fa
-minIdentity=70 -out=axt BLAT-test-hsa-rno.axt
Output fra BLAT alignment
BLAT-test-hsa-dre.axt
BLAT-test-hsa-rno.axt
Alignment længder og antal
Alignment længder og antal blev bestemt med programmet
axtLineLength4Gnuplot.py. Resultaterne er
i filerne:
Gnuplot-BLAT-test-hsa-dre.dat
Gnuplot-BLAT-test-hsa-rno.dat
Pre-miRNA længder
Pre-miRNA længder og antal blev bestemt med programmet
premiRNAlength4Gnuplot.py. Resultaterne er
i filerne:
Gnuplot-miRNA-dre.dat
Gnuplot-miRNA-rno.dat
Gnuplot
Gnuplot filen til generering af figur x og figur y i specialerapporten:
BLAT-alignment-hsa-dre-rno-plot.gp
Resultatet:
Figur x: BLAT-alignment-hsa-dre-plot.ps
Figur y: BLAT-alignment-hsa-rno-plot.ps
Test af BLAT
BLAT blev testet med pre-miRNAerne fra kromosomerne hsa 14, mmu 12 og
rno 6. Alle blev testet som database fil og som query fil.
BLAT blev kaldt på denne måde:
blat database query -minIdentity=70 -out=axt outputfilnavn
Input
Disse filer blev brugt som input til BLAT testen:
hsa 14: pre-miRNA-hsa-14-DNA.fa
mmu 12: pre-miRNA-mmu-12-DNA.fa
rno 6: pre-miRNA-rno-6-DNA.fa
Filerne blev genereret med programmet: premiRNAsequences.py
Output
BLAT-test-hsa14-mmu12.axt
BLAT-test-mmu12-hsa14.axt
BLAT-test-mmu12-rno6.axt
BLAT-test-rno6-mmu12.axt
BLAT-test-rno6-hsa14.axt
BLAT-test-hsa14-rno6.axt
Test af RNAz og RNAmicro
Både RNAz og RNAmicro blev testet med pre-miRNAerne fra
kromosomerne hsa 14, mmu 12 og rno 6. Som blev downloaded fra
miRBase version 9.0, i ClustalW alignet udgave.
RNAz blev kaldt på denne måde: RNAz
filnavn
RNAmicro blev kaldt på denne måde:
RNAmicro -i filnavn
Disse filer blev brugt som input til RNAz og RNAmicro testen:
alignment127.clw
alignment134.clw
alignment136.clw
alignment153.clw
alignment154.clw
alignment203.clw
alignment299.clw
alignment300.clw
alignment323.clw
alignment329.clw
alignment337.clw
alignment341.clw
alignment342.clw
alignment345.clw
alignment368-376c.clw
alignment368-alle.clw
alignment369.clw
alignment370.clw
alignment376a.clw
alignment376b.clw
alignment376c.clw
alignment377.clw
alignment379.clw
alignment380.clw
alignment381.clw
alignment382.clw
alignment409.clw
alignment410.clw
alignment411.clw
alignment412.clw
alignment431.clw
alignment433.clw
alignment485.clw
alignment487.clw
alignment487b.clw
alignment493.clw
alignment494.clw
alignment495.clw
alignment496.clw
alignment539.clw
alignment540.clw
alignment541.clw
alignment543.clw
alignment655-656.clw
alignment668.clw
alignment758.clw
alignment770.clw
Test af Pipelinen
Data kilder
DNA sekvensdata: Ensembl v40 - Aug 2006
Homo
sapiens
Mus
musculus
Rattus
norvegicus
miRBase databasefiler: Release 9.0 October 2006
miRBase database_files
Oplysninger om microRNAerne
For menneskets kromosom 14 hsa-14, musens kromosom 12 mmu-12 og
rottens kromosom 6 rno-6.
Antal miRNAer optalt med programmet
miRNAcount.py:
Informationer genereret med programmet
miRNAinformation.py:
Afstand mellem miRNAer beregnet med programmet
miRNAdistance.py:
miRNA geners overlap med andre gener fundet med programmet
miRNAoverlap.py: